Michael Wagner hat ein Büro für Architektur- und Städtebau in Zürich und unterrichtet an verschiedenen Universitäten und Hochschulen in der Schweiz. Ein Schwerpunkt seiner Arbeit liegt auf der nachhaltig regenerativen Entwicklung der gebauten und nicht gebauten Umwelt. Dabei bewegt er sich an der Schnittstelle von Architektur, Städtebau, Landschafts- und Raumentwicklung.

Seit 2018 hält er die Städtebau-Vorlesungen im Bachelor-Studiengang am Departement Architektur der ETH Zürich. Von 2010 bis 2018 war er Oberassistent an der Professur Kees Christiaanse und leitete den Forschungsschwerpunkt Kulturlandschaft.

Michael Wagner beteiligt sich regelmässig an Forschungsprojekten und publiziert in den Bereichen Architektur, Städtebau und Raumentwicklung. 2014 war er Gastprofessur Agenda Lehre an der TU München, 2017/18 Gastdozent für Städtebauliches Entwerfen an der Universität Liechtenstein.

Aktuell sind mehrere seiner Projekte im Bau: der Neubau des Recyclingzentrums der Stadt Zug, die Wohnüberbauung Klosterstrasse und der Pausenpavillon der Rudolf Steiner Schule in Winterthur.

Er ist Co-Autor der Schlussberichte Aktionsplan und Leitfaden des KTI-geförderten Forschungsprojekts Zernez Energia 2020 und verschiedener weiterer Publikationen, die sich mit den energetischen Konsequenzen und den Umweltauswirkungen städtebaulicher Entwicklung auseinandersetzen, um daraus Erkenntnisse für die zukünftige Städtebaupraxis zu gewinnen.